Den besten freien Vortrag prämiert die APS mit 1000 €. Außerdem hat Frau Dr. Wachtel, Ehrenmitglied der APS, einen zusätzlichen Preis gestiftet, der mit 500 € dotiert ist. Mit diesem Preis soll in jedem Jahr ein(e) Wissenschaftler(in) aus Europa (unter 35 Jahren) ausgezeichnet werden, die/der auf der APS-Jahrestagung das beste Poster über eine pädiatrische Stoffwechselstörung präsentiert. Die Preise werden durch eine Jury aus dem APS-Vorstand vergeben und am Ende der Jahrestagung verliehen. Es wird darum gebeten, dass die Preisträger(innen) zur Verleihung der Preise persönlich anwesend sind.